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Seit 1878 gibt es von Stralsund aus einen direkten Anschluss nach Berlin. 1882 entstanden Gleisanlagen auf der Strecke von Altefähr nach Bergen, es gab aber auch Trajektanlagen in Altefähr und Stralsund. Die Planer des Trajekts gingen von 30.000 bis 40.000 Passagieren im Jahr aus. Am 1. Juli 1883 nahmen die Trajekte (mit zwei 30 Meter langen Schiffen „Prinz Heinrich” und „Rügen”) und die Eisenbahnlinie nach Bergen den Betrieb auf. Alle Trajekte hatten Eisbrechereigenschaften für den Winterbetrieb. Gegen den Betrieb hatten die Betreiber der Fähre Klage eingereicht, da die Existenzgrundlage bedroht war. Es wurde eine Entschädigung von 80.000 Goldmark bezahlt, von diesem Geld wurde unter anderen ein neuer Raddampfer gebaut, der bis 1949 in Betrieb war.

Auf der Trajektstrecke fuhren im ersten Jahr 90.000 Fahrgäste mit, 1889 kam dann noch ein drittes Trajekt Namens „Stralsund” hinzu. Im Jahre 1897 wurde die Eisenbahnstrecke auf Rügen als D-Zug-Strecke aufgewertet. Neue Trajekte, wie „Sassnitz”, konnten mit einer Länge von 62 Metern drei D-Zug Wagen aufnehmen, ihr folgte dann die baugleiche „Putbus”. In Altefähr und Stralsund waren seit 1897 je zwei Fährbetten in Betrieb, sodass die Züge parallel abgefertigt werden konnten. Täglich verkehrte nach der Inbetriebnahme der Erweiterungsstrecke zwischen Bergen und Sassnitz und der Aufnahme des Fährbetriebes die Seepostlinie. Von dort aus gingen am 1. Mai 1897 zwei Schnellzugpaare nach Schweden. Ein großer Nachteil beim Trajektbetrieb war der Zeitverlust beim Trajektieren. Die am 1. Oktober 1904 eingeweihte Eisenbahnfährlinie Warnemünde-Gedser wurde zunehmend zur Konkurrenz. 1909 eröffneten Schweden und Deutschland eine Eisenbahnfährlinie zwischen Sassnitz und Trelleborg, dies wiederum ließ den Verkehr neu aufleben. Daraufhin wurden erneute Forderungen nach einer festen Verbindung zwischen Rügen und dem Festland erhoben, welche allerdings noch 1910 vom Preußischen Landtag und dem Rat der Stadt Stralsund abgelehnt wurden. Das Bauprojekt von 1914 sah 1200 Meter lange stählerne Hochbrücke zwischen dem Dänholm und Rügen vor, die auf 10 Pfeilern ruht. Die Spannweite zwischen den Pfeilern sollte 120 Meter haben, die mittig gelegene schiffbare Hauptöffnung sollte eine Spannweite von 160 Metern und die Durchfahrtshöhe über der See 27 Meter betragen. Die ersten Entwürfe wurden aber auch von den Befürwortern des aufkommenden Autoverkehrs kritisiert. Eine reine Eisenbahnbrücke erschien ihnen anachronistisch. Nach dem ersten Weltkrieg wurde ein neues, 83 Meter langes Trajekt mit dem Namen „Altefähr”, in Betrieb genommen. Ein weiteres Trajekt wurde verlängert, trotz der Umstellung des Betriebes auf elektrische Anlagen waren Trajekte schon wegen längeren Zügen überlastet. Konkurrenz entstand durch den nun zu Polen gehörenden Gdynia mit der Eisenbahnlinie nach Aarhus.